Medzi úlohy Slovenskej inovačnej a energetickej agentúry (SIEA) patrí od roku 2007 aj príprava a koordinácia podpory inovačného rozvoja na Slovensku. Poslanie agentúry v oblasti inovácií vyplýva z návrhu Inovačnej stratégie SR na roky 2007 až 2013 a z Návrhu Inovačnej politiky SR na roky 2008 až 2010. Návrh Inovačnej politiky na roky 2011 až 2013 schválila vláda v máji 2011.
Pre záujemcov o informácie o zakladaní a fungovaní klastrov na Slovensku pripravila SIEA publikáciu Klastrovanie, v ktorej sú zhrnuté aj základné informácie o existujúcich klastroch. V roku 2009 vypracovala SIEA spolu s odborníkmi z akademickej oblasti pre Ministerstvo hospodárstva SR v analytickú štúdiu Klastre na podporu rozvoja inovácií s prehľadom o klastrových iniciatívach na Slovensku a s návrhmi riešení podpory klastrov . Prvé pracovné stretnutie predstaviteľov slovenských klastrov na pôde SIEA sa uskutočnilo v máji 2010.
S cieľom povzbudiť domáce podnikateľské subjekty i fyzické osoby k inovatívnym podnikateľským aktivitám organizuje SIEA súťaž o Cenu ministra hospodárstva „Inovatívny čin roka“.
Zároveň administruje v rámci Operačného programu Konkurencieschopnosť a hospodársky rast výzvy na predkladanie žiadostí o nenávratný finančný príspevok zo štrukturálnych fondov EÚ k podpatreniam 1.1.1, ktoré sa týkajú podpory inovačných aktivít v podnikoch. Pomoc je určená podnikateľom, ktorí predložia projekty zamerané na nákup inovatívnych technológií.
SIEA sa zúčastňuje aj na medzinárodných projektoch zameraných na podporu inovácií v rámci európskych programov Central Europe Programme a CIP.
Okrem toho agentúra zabezpečuje implementáciu vládnych strategických dokumentov v oblasti inovácií.