Cieľom Programu Bohunice je pomôcť Slovenskej republike pri uskutočňovaní postupného procesu smerujúceho ku konečnému vyradeniu blokov 1 a 2 jadrovej elektrárne Bohunice V1 v súlade s ich plánmi vyraďovania z prevádzky pri súčasnom zachovaní najvyššej úrovne bezpečnosti. Podpisom dohody o delegovaní právomocí zo dňa 10. 8. 2016 s Európskou komisiou sa Slovenská inovačná a energetická agentúra stala Národnou agentúrou pre Program Bohunice. SIEA tak pôsobí ako ďalší implementačný orgán  programu, ktorý dovtedy prebiehal iba prostredníctvom Európskej banky pre obnovu a rozvoj spravujúcej fond BIDSF.

Program Bohunice, ktorý implementuje SIEA, sa riadi Systémom implementácie pre Program Bohunice.

Podprojekt D4.7.01

SIEA ako Národná agentúra zodpovedná za implementáciu Programu Bohunice, vyhlásila dňa 15.11.2019 vyzvanie na predloženie žiadosti o poskytnutie grantu na realizáciu projektu „Dekontaminácia a demolácia budov JE V1 a uvedenie areálu do pôvodného stavu (D4.7), podprojekt D4.7.01" pre prijímateľa spoločnosť Jadrová a vyraďovacia spoločnosť, a. s., so sídlom Tomášikova 22, Bratislava. Cieľom tohto projektu je ukončenie procesu vyraďovania nepotrebnej technológie, demolácia nepotrebných stavebných objektov, vyčistenie a uvedenie areálu JE V1 do pôvodného stavu, záverečný prieskum a vyňatie JE V1 spod administratívnej kontroly dozorných orgánov SR.

Podprojekt D4.4C.01

SIEA, ako Národná agentúra pre Program Bohunice, uzatvorila dňa 8.9.2017 s účinnosťou od 12.9.2017 Zmluvu o poskytnutí grantu na realizáciu projektu „Demontáž systémov v kontrolovanom pásme JE V1 – 2. časť, podprojekt D4.4C.01" so spoločnosťou Jadrová a vyraďovacia spoločnosť, a. s., Tomášikova 22, Bratislava. Predmetom podprojektu sú činnosti, ktoré neboli zahrnuté do rozsahu predchádzajúcich projektov súvisiacich s demontážnymi prácami v kontrolovanom pásme JE V1, a to najmä vypracovanie potrebnej dokumentácie, získanie potrebných povolení, vyprázdnenie systémov, odstránenie a fixácia kalov, dekontaminácia, demontáž a fragmentácia systémov, komponentov a zariadení, vrátane ich triedenia.

Program Bohunice je spolufinancovaný z prostriedkov Európskej únie.