Cieľom Programu Bohunice je pomôcť Slovenskej republike pri uskutočňovaní postupného procesu smerujúceho ku konečnému vyradeniu blokov 1 a 2 jadrovej elektrárne Bohunice V1 v súlade s ich plánmi vyraďovania z prevádzky pri súčasnom zachovaní najvyššej úrovne bezpečnosti. Podpisom dohody o delegovaní právomocí zo dňa 10. 8. 2016 s Európskou komisiou sa Slovenská inovačná a energetická agentúra stala Národnou agentúrou pre Program Bohunice. SIEA tak pôsobí ako ďalší implementačný orgán  programu, ktorý dovtedy prebiehal iba prostredníctvom Európskej banky pre obnovu a rozvoj spravujúcej fond BIDSF.

Program Bohunice, ktorý implementuje SIEA, sa riadi Systémom implementácie pre Program Bohunice.

Podprojekt D4.4C.01

SIEA, ako Národná agentúra pre Program Bohunice, uzatvorila dňa 8.9.2017 s účinnosťou od 12.9.2017 Zmluvu o poskytnutí grantu na realizáciu projektu „Demontáž systémov v kontrolovanom pásme JE V1 – 2. časť, podprojekt D4.4C.01" so spoločnosťou Jadrová a vyraďovacia spoločnosť, a. s., Tomášikova 22, Bratislava. Predmetom podprojektu sú činnosti, ktoré neboli zahrnuté do rozsahu predchádzajúcich projektov súvisiacich s demontážnymi prácami v kontrolovanom pásme JE V1, a to najmä o vypracovanie potrebnej dokumentácie, získanie potrebných povolení, vyprázdnenie systémov, odstránenie a fixácia kalov, dekontaminácia, demontáž a fragmentácia systémov, komponentov a zariadení, vrátane ich triedenia.

Program Bohunice je spolufinancovaný z prostriedkov Európskej únie.