V rámci V rámci Operačného programu Integrovaná infraštruktúra (do 12/2019 OP Výskum a inovácie), ktorý riadi Ministerstvo dopravy a výstavby SR, SIEA administruje výzvy zamerané na podporu inovácií a technologického transferu a na podporu technologického a aplikovaného výskumu. Zároveň v súlade so Stratégiou výskumu a inovácií pre inteligentnú špecializáciu SR, ktorú schválila Európska komisia ako ex ante kondicionalitu pred vypracovaním operačného programu, implementuje SIEA dva národné projekty. Sprostredkovateľským orgánom v prípade týchto výziev a projektov je Ministerstvo hospodárstva SR.
Zameranie národných projektov: