Slovenská inovačná a energetická agentúra plní úlohu implementačnej agentúry pre štrukturálne fondy EÚ. V uplynulom programovom období (2004 – 2006) prijala SIEA v rámci Sektorového operačného programu Priemysel a služby (opatrenia zamerané na podporu podnikania, inovácií a aplikovaného výskumu a podporu úspor energie a využitia obnoviteľných zdrojov energie) celkom 155 projektov, z toho bolo 124 projektov schválených.
Sekcia štrukturálnych fondov pre rozvoj malého a stredného podnikania, ktorá do júna 2011 pôsobila v rámci Národnej agentúra pre rozvoj malého a stredného podnikania, v tomto programovom období prijala v rámci schémy štátnej pomoci 416 projektov, z ktorých bolo 59 schválených, v rámci schémy pomoci de minimis prijala 580 projektov, z ktorých bolo 359 schválených, v rámci inkubátorov (Opatrenie 2.1) prijala 17 projektov, z ktorých bolo 8 schválených. V rámci Národného projektu Knižnice bola schválená Národná knižnica Martin a v rámci nej bolo 10 podprojektov vystupujúcich, ako spolurealizátori projektu.