Agentúru ako štátnu príspevkovú organizáciu zriadil minister hospodárstva Slovenskej republiky svojim rozhodnutím č. 63/1999 s účinnosťou od 1. mája 1999 v znení nadväzných rozhodnutí č. 15/2002 a č. 5/2003, podľa zákona č. 303/1995 Z. z. o rozpočtových pravidlách Slovenskej republiky v znení neskorších predpisov a zákona č. 313/2001 o verejnej službe.

Úlohy SIEA

• zhromažďuje a vyhodnocuje údaje o energetickej efektívnosti a využívaní obnoviteľných zdrojov energie v SR;
• pripravuje podklady pre novelizáciu energetickej legislatívy;
• zastupuje Slovensko v medzinárodných energetických projektoch;
• poskytuje  bezplatné energetické poradenstvo pre domácnosti, podnikateľov a verejný sektor v konzultačných centrách v Banskej Bystrici, v Trenčíne a v Košiciach;
• zabezpečuje prevádzku monitorovacieho systému efektívnosti pri používaní energie,
• zabezpečuje realizáciu podporných grantových programov zameraných na energetickú efektívnosť a využívanie obnoviteľných zdrojov energie vo verejnom sektore a v domácnostiach;
• ako implementačná agentúra pre Štrukturálne fondy EÚ administruje opatrenia na podporu inovácií, výskumu, spoločných služieb pre podnikateľov, energetickej efektívnosti a využívania obnoviteľných zdrojov energie v podnikateľskej sfére a vo verejnom sektore;

• vykonáva skúšky špecialistov v energetike;

• od roku 2007 plní štátne úlohy v oblasti podpory inovácií, sleduje a vyhodnocuje inovačné aktivity na Slovensku a navrhuje opatrenia na ich podporu.

Z histórie SIEA

V minulosti pôsobila na území bývalého Československa - Československá Štátna energetická inšpekcia, ako orgán štátnej správy v oblasti špecializovanej kontroly hospodárenia s palivami a energiou. V rámci svojej kompetencie inšpektori tejto organizácie mohli formou finančných pokút sankcionovať spotrebiteľov za nehospodárne využívanie energie. Neskôr k týmto činnostiam pribudli i ďalšie aktivity ako odborné poradenstvo v racionalizácii využitia energie, vzdelávanie energetických špecialistov, poskytovanie konzultácií a rád o možnostiach efektívnejšieho využívania energie. Tým sa začal vytvárať priestor na pozitívnu motiváciu pre spotrebiteľov energie na znižovaní jej spotreby.

Následne po rozdelení federatívnej republiky prešli delimitáciou z Federálnej energetickej agentúry na Slovenskú energetickú inšpekciu aktivity agentúrnych činností, čím vznikla Slovenská energetická inšpekcia - Energetická agentúra. Nadobudnutím účinnosti Zákona č. 70/1998 Z. z. o energetike a zmene živnostenského zákona vykonáva štátny dozor nad dodržiavaním tohto zákona Štátna energetická inšpekcia. Tým sa vytvorili podmienky pre oddelenie energetickej inšpekčnej činnosti od agentúrnych aktivít.

Rozhodnutím ministra hospodárstva sa Slovenská energetická inšpekcia – energetická agentúra (SEI-EA) s účinnosťou od 1. mája 1999 pretransformovala na Slovenskú energetickú agentúru (SEA), príspevkovú organizáciu v pôsobnosti Ministerstva hospodárstva so zameraním najmä na oblasť ovplyvňovania racionalizácie využitia a dosahovania úspor energie.

Na základe Rozhodnutia č. 18/2007 ministra hospodárstva Slovenskej republiky sa dňom 01. apríla 2007 zmenil názov príspevkovej organizácie v pôsobnosti Ministerstva hospodárstva SR Slovenská energetická agentúra na Slovenská inovačná a energetická agentúra.